Jhon Tea

Semester 7 keatas merupakan hal abstrak menurut gue. Mengapa begitu? Ini sebenernya teruntuk kalian yang memang sudah tidak ada kuliah lagi. Yang tersisa hanyalah tugas akhir. Hari kalian bakalan terasa seperti hari minggu setiap harinya. Apalagi buat yang jarang banget buat bimbingan. Nah loh. Mau libur tiap hari cuy? Kapan tuh tugas bakalan kelar? Nah, nah, nah. Itulah yang gue rasakan. Bukan jarang bimbingan. Bukan (semoga). Tapi suasana yang berasa liburan kayak gini nih yang bikin enak. Masalahnya adalah bagaimana kita mengatur waktu yang udah terlanjur kita coret warna merah, kita balikin lagi jadi warna hitam. Gue sebgai penikmat tugas akhir hanya berharap bisa selesai pada semester ini tanpa ngaret. Mari berdoa bersama-sama bagi siapapun yang sedang mengerjakan tugas akhir, semoga dapat selesai sesuai dengan yang diharapkan tanpa ngaret. Aamiin…

Gue yang awalnya memilih bidang grafika komputer, dialihkan pada bidang bioinformatika. Sebenernya tidak bisa dibilang dialihkan sepenuhnya juga sih. Masih terkait dengan grafika komputer, namun bahasan utamanya adalah bidang bioinformatika. Gue tertarik dengan pemodelan objek berbasis web menggunakan WebGL. Pembimbing gue berada di ranah bioinformatika. Jadilah topik yang gue dapatkan yaitu bentuk visualisasi dari stuktur protein. Gue sempet sakit selama beberapa minggu saat itu. Tapi setelah beberapa kali bimbingan, akhirnya gue mendapatkan juga judul gue yaitu Visualisasi Struktur Terseier Berbasis Web Menggunakan Ribbon Drawing.

Berdasarkan petuah dari Bapak sang pembimbing, gue diamanatkan untuk mencari segala hal tentang protein, strukturnya, hingga pembacaan database pada protein. Dasar emang gue bandel, yang gue lakukan malahan belajar langsung pembuatan objek tiga dimensi menggunakan WebGL. Gue pikir dengan gue belajar tehnik pembuatan program duluan itu nantinya hanya tinggal memasukkan materi tentang bahasan utama gue aja ke dalam program tersebut. Namun ternyata tidak seperti itu. Gue sedikit kewalahan dengan apa yang bakal gue buat. Saat bimbingan pun terkadang suka ga nyambung antara gue dengan pembimbing. Gue pun memutar balik dengan membaca segala literatur mengenai protein, strukturnya, hingga pembacaan database pada protein. Setelah itu, gue mulai merasa sedikit nyambung dengan apa yang gue lakukan. Akhirnya.
Gue mulai memahami tentang bagaimana maksud si Ribbon Drawing ini membentuk struktur protein. Dari berbagai literatur yang gue baca, Ribbon Drawing singkatnya adalah proses penggambaran struktur protein melalui penulusuran backbone pada protein dengan menggambarkan bentuk pita pada bagian helix dan sheet. Awalnya, si protein ini digambar tangan oleh Richardson. Hasil gambarnya memperlihatkan bentuk struktur protein yang berbentuk pita. Karna gambar yang dihasilkan bagus dalam merepresentasikan bentuk struktur protein, para ahli grafika komputer melakukan representasi bentuk struktur protein itu dalam bentuk visualisasi digital.

                Untuk merepresentasikan struktur protein dalam bentuk digital yang seperti itu adalah dengan menggunakan database yang berisikan koordinat atom-atom pada suatu protein. Kemudian dilakukan penyeleksian atom karna tidak semua atom yang akan digunakan. Kalo semua atom digunakan, layarnya bakalan penuh bro sama atom yang bejibun gitu.

                Nah, untuk melihat bentuk struktur protein itu adalah dengan cara menelusuri bagian penyusunnya, yaitu asam amino. Dari asam amino yang bejibun itu yang dilihat hanyalah atom Carbon pusatnya yaitu alpha Carbon. Apabila sudah ditelusuri, gambarkan garis untuk menyambungkan tiap alpha Carbon. Nah dari situ bakal keliatan kerangkanya gimana bentuknya. Gue baru sampe sini nih. Jadi seenggaknya udah keliatan bentuk kerangka dari proteinnya. Si kerangka protein ini nantinya terlihat masih patah-patah karena garis yang dibentuk hanya mengikuti koordinat yang diketahui. Untuk itu dilakukan penghalusan agar garis yang dibentuk menjadi lengkungan.

ini atom yang masi bejibun

ini hasil penelusurannya

ini hasil lengkungan

                Nah karna judul dari tugas akhir gue ada Ribbonnya, maka haruslah digambar dalam bentuk pita. Bukan Cuma garis gitu doang. Ini yang masih gue pelajari. Mempelajari ini, gue baru sadar kegunaan dari perhitungan matematika yang selama ini gue pelajari. Dasarnya sih ya perhitungan vector pas SMA dulu yang jarang diperhatiin dan tidak didalami.

                Yap segitu aja tentang sedikit mengenai kerjaan gue ini. Selanjut-selanjutnya semoga makin nambah banyak progressnya bahkan nyampe kelar. Yeaayy…..

Note : Ini adalah pesan untuk gue sendiri sebagai pengingat. Ini tugas yang ada di akhir, bukan selesainya di akhir-akhir yang gatau kapan waktu berakhirnya.